Dzięki funduszom pozyskanym od prywatnych darczyńców oraz z konkursów grantowych (w tym m.in. z Województwa Małopolskiego, Wojewódzkiego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Krakowie, a w latach 2005-2007 także ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Budżetu Państwa), Fundacja w ramach Programu Stypendialnego przyznała uczniom, studentom i doktorantom ponad 1340 stypendiów (Tab.1) na łączną kwotę 3,9 mln (Tab.2).

Tabela 1. Liczba stypendystów w latach 2003-2008.

Tabela 2.  Łączna wartość stypendiów w latach 2003-2008.

Ponadto w roku akademickim 2005/2006 Fundacja zrealizowała dodatkowo dwa programy stypendialne. Pierwszy z nich to "Dobry Staż - Dobry Start - program skierowany do absolwentów szkół wyższych nie zarejestrowanych jako bezrobotni oraz pracowników sektora badawczo-rozwojowego, zakładający płatne staże służące transferowi wiedzy i innowacji pomiędzy sektorem badawczo-rozwojowym a przedsiębiorstwami. Drugi to "Moja Inspiracja - Małopolska Innowacja" - którego nadrzędnym celem było stworzenie warunków do zwiększenia potencjału badawczo-rozwojowego Województwa Małopolskiego poprzez udzielanie stypendiów dla najlepszych absolwentów szkół wyższych kontynuujących naukę na studiach doktoranckich z zakresu dziedzin naukowych przyczyniających się do rozwoju strategicznych obszarów regionu. Oba projekty zostały w całości sfinansowane ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Budżetu Państwa w ramach wdrażania działania 2.6 "Regionalne strategie innowacyjne i transfer wiedzy" Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego, Priorytet II "Wzmocnienie rozwoju zasobów ludzkich w regionach".