Fundacja SAPERE AUSO współpracuje przede wszystkim z Urzędem Marszałkowskim Województwa Małopolskiego. Województwo Małopolskie jest Fundatorem Fundacji, ale też dzięki jego grantom, Fundacja co roku może przygotowywać szeroki Program Stypendialny.

Drugim z podstawowych partnerów Fundacji jest Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Krakowie. Dzięki wsparciu Funduszu, Sapere Auso organizuje co roku program stypendialny dla studentów aktywnych i posiadających osiągnięcia na polu ochrony środowiska.

Małopolskie Centrum Doskonalenia Nauczycieli w Krakowie od kilku lat użycza Fundacji lokalu w swej siedzibie przy ul. Lubelskiej 23.

Dzięki współpracy z Kuratorium Oświaty w Krakowie Fundacja dociera z informacją i promocją do szkół ponadgimnazjalnych na terenie Małopolski.